随着课程改革向纵深发展，马尔康中学顺势而为，积极应对教育变革的新挑战，适时提出“一高（高质量）两特（艺体、英语）”的办学目标。在保证提高教学质量的同时，着力素质教育的全面推进，努力营造素质教育氛围，通过改革课堂主阵地和积极开发英语活动周、科技小社团、外教视听课堂、学生综合素质展示活动、研究性学习、金秋艺术节、学生艺术团、艺体特长发展辅导班、校运会、读书活动等校本第二课堂，倾力打造英语和艺体两大特色教育，为学生开辟了广角度、宽领域、多层面的素质发展平台，使不同兴趣爱好、各种秉性天赋的学生得到了充分发展，学生综合素质在和谐共进，充满活力的校园得以全面提升。近年，马尔康中学学生在全国中学生英语能力竞赛、全国推新人大赛、四川省艺术人才大赛、研究性学习成果交流、省中学生运动会等活动和各学科竞赛上都取得了骄人的成绩。连续四年近10人次在四川省中学生英语演讲比赛中荣获特等和一等奖；在省十运会上马中男子足球队代表阿坝州打进前五名；继研究性学习课题《藏传佛教》获得四川省中学生研究性学习成果一等奖（三州唯一获此殊荣）之后，2006年11月，刘观和冉煦同学应邀赴北京航空航天大学参加了首届“未来杯”中学生创新设计决赛，他们设计的flash作品《保护环境资源》荣获全国三等奖；在刚刚结束不久的2007年普通高考艺体专业考试中，马中一次性上本科线27名，专科65名。至此，马尔康中学的素质教育喜结硕果，逐步形成特色鲜明的素质教育模式，素质教育推进步伐已领跑全州。